Pour une gestion optimale de l'entrepôt, la sécurité des stocks joue un rôle important. La gestion des dates de péremption permet de s'assurer qu'il n'y a pas de marchandises périssables ou présentant un risque pour la sécurité dans l'entrepôt. La performance d'une entreprise dépend de la performance de son entrepôt. Dans le secteur alimentaire par exemple, la sécurité des stocks commence à la réception des marchandises avec un contrôle précis des dates limites de consommation et des temps de conservation restants, en passant par la saisie et la traçabilité des lots, jusqu'à la préparation des commandes avec manipulation du poids ou la saisie de la température.
La sécurité des stocks joue également un rôle important dans d'autres secteurs, comme le commerce technique de gros. Ici, un magasin est intégré à l'entrepôt afin que le client qui se trouve directement sur place puisse être livré à court terme et que le stock correct soit disponible.
Les pertes d'inventaire sont souvent inévitables. Les causes peuvent être le vol, un contrôle incorrect de la réception des marchandises (contrôle de l'entrée des marchandises), des marchandises mal stockées ou des marchandises qui n'ont pas été enregistrées mais qui ont été envoyées. Ces causes et d'autres encore peuvent mettre en péril la sécurité des stocks.